Так как по типу шерсти селекция среди среднеазиатских овчарок не ведётся, то встречаются зачастую промежуточные типы. Вместе с тем, подшерсток должен быть очень хорошо развит, для того чтобы защищать надёжно животное как от холода, так и от жары.
При этом короткая без подшерстка шерсть считается порочной, впрочем как курчавая или волнистая, которая не указывает на влияние остальных пород. Обычно стандартом допускаются следующие окрасы: чёрный, белый, тигровый, бурый, пегий или пятнистый. Правда встречается на выставках порой ещё большее разнообразие.
При этом крап может отличаться и на белом фоне, хотя у той же собаки он может быть другого цвета. Стоит отметить, что разные окрасы на наблюдал и Н. Боголюбский, но зонарно- серого или чисто- серого им не отмечалось.
Скорее всего такой окрас предполагает влияние других пород, таких как немецкая овчарка например. Правда тёмная мочка должна обязательно присутствовать в белом окрасе.