К недостаткам среднеазиатской овчарки как известно относят: зубы стёртые несоответственно возрасту, а также жёлтый небольшой налёт и разрушенная несколько эмаль ( до трети поверхности зубов). Также сломанных зубов присутствие, но не мешающих прикусу, а также премоляров и лишних резцов.
Также с сильно разрушенной эмалью ( более трети поверхности) и с небольшим жёлтым налётом зубы. Расположенные в одну линию у основания резцы ( один или больше резцов относительно общей линии на толщину зуба и больше), а также отсутствие каких- либо зубов. Относятся также к недостаткам все отклонения от прикуса ножницеобразного. У собак низко поставленная мускулистая шея, под углом тридцать- сорок градусов примерно по отношению к линии спины.
К недостаткам шеи относится с недостаточной мускулатурой удлиненная шея, а также резко выраженный подвес. У среднеазиатской овчарки грудь глубокая с круглыми рёбрами. При этом находится нижняя часть груди с локтями на одной линии или выше их.